二級A型和B型生物安全柜的主要區(qū)別在于：B型安全柜必須安裝外接風(fēng)機，并且氣體通過導(dǎo)管建筑物的排風(fēng)系統(tǒng)直接排到實驗室外。如果沒有外接風(fēng)機，安全柜的內(nèi)部風(fēng)機會將工作區(qū)內(nèi)的空氣（和微生物因子）經(jīng)過前臺操作人員，吹向操作人員的臉上，從而導(dǎo)為危險的狀況。此類安全柜不能算作性能平衡的安全柜，因為內(nèi)置的風(fēng)機只能產(chǎn)生下沉氣流，安全柜的工作還依賴外接風(fēng)機產(chǎn)生進(jìn)流。
　　
　　對于所有B型二級生物安全柜，可以考慮在風(fēng)機的排氣出口端和建筑物排氣端口之間安裝空氣凈化系統(tǒng)，用以中和稀釋排氣中的化學(xué)毒霧，從而加強安全柜的環(huán)保性能。
　　
　　雖然B型生物安全柜在對進(jìn)行化學(xué)物品操作時被廣泛使用，但是從理論上說，它的安全水平相對于A型安全柜已經(jīng)大大提高。通過將空氣直接排到外界環(huán)境，它們更為妥善的安全防護(hù)，尤其是當(dāng)HEPA過濾器出現(xiàn)故障時。